در این بازی لاک پشت های نینجا شما می توانید از قدرت های خاصی هنگام کنترل لاک پشت خود  استفاده کنید.

مثلاً یکی از قدرت های لئوناردو این است که می تواند زمان را کند یا یکی از قدرت های رافائل این است که می تواند به صورت شبح در بیاید که با این حرکت دشمن نمی تواند آن را پیدا کند و به او آسیب بزند.

البته باید گفت که قدرت ها به همینجا تمام نمی شود. درواقع هر لاک پشت چهار قدرت دارد که هر کدام هم کارایی خودش را موقع نبرد دارد و شما می توانید که قدرت های جدید را از فروشگاه بازی خریداری کنید یا قدرت های لاک پشت ها را با هم عوض کنید. 

در پایین شما می توانید که قدرت لاک پشت ها را که در اول بازی در اختیار دارید را ببینید:

لئوناردو

Warp Dash: با شمشیرش به سوی دشمن جهش می زند که باعث خنثی کردن حمله دشمن می شود.

Combo Attack: حمله مخصوصی است که فقط مختص خود لاک پشت است.

Healing Circle: محوطه ای دایره ای شکل درست می کند تا هر لاک پشتی که در آن محوطه است جونش پر شود.

Turtle Time: زمان و دشمنان را آهسته می کند اما روی خود لاک پشت ها تاثیری ندارد.

رافائل

Shell Crusher: مانند دریل به سمت دشمنان حمله می کند.

Combo Attack: حمله مخصوصی است که فقط مختص خود لاک پشت است.

Turbo Mode:  سرعت حرکت خودش را با استفاده از این قئرت می تواند زیاد کند.

Stealth Mode: خود را به حالت شبح در میارد تا دشمن نتواند آنرا ببیند و می تواند وقتی در حالت شبح است، یک دشمن را با یک ضربه بکشد.

مایکل آنجلو

Super Shuriken: با استفاده از این قدرت او به بالا می پرد و چندیل ستاره نینجایی به دشمن پرتاب می کند.

Combo Attack: حمله مخصوصی است که فقط مختص خود لاک پشت است.

Decoy: از خودش کپی بی حرکتی می سازد تا  دشمن به آن سرگرم شود. 

Cheerleader: می تواند با این قدرت تمام قدرت های لاک پشت های دیگه رو که در حال پر شدن هستند پر کند، اما برای خودش را نه.

داناتلو

Spin Attack: حرکتی هلی کوپتری می زند تا دشمنان اطراف خود را دور کند.

Combo Attack: حمله مخصوصی است که فقط مختص خود لاک پشت است.

High Jump: می تواند با اشتفاده از این قدرت بسیار بلند تر از حالت عادی بپرد.

Pizza Power: وقتی از این قدرت استفاده کند به خودش و بقیه لاک پشت ها جون اضافه می کند.